Lagoonin historia juontaa juurensa yli 20 vuoden päähän. Jeanneau perusti vuonna 1984 Jeanneau Techniques Avancées, JTA, nimellä kulkeneen kehitysyksikön, josta muodostui yksi kilpapurjehduksen merkkipaaluista. JTA:ssa yhdistyi huipputekninen rakentaminen intohimoiseen kilpailuun, jonka tuloksena syntyi yli 50 kilpaprototyyppiä mm. formula 40, maxi-monirunko, 60´trimaraaneihin ja America\\\'s Cup sekä moniin muihin luokkiin.

Veneiden rakentaminen äärimmäisiin kilpailuolosuhteisiin tuotti nopeassa tahdissa valtavan määrän tietotaitoa, osaamista ja menestystä. Pelkkä kilpaveneiden kehittäminen ja rakentaminen ei kuitenkaan tarjonnut riittävän pohjaa yksikön tulevaisuudelle. Niinpä JTA ryhtyi erään asiakkaansa toiveesta valmistamaan cruising-katamaraaneja kilpaveneidensä tekniikkaa hyödyntäen. Ensimmäinen JTA:n Lagoon cruising-katamaraani, Lagoon 55, rakennettiin 1987 ja paljastettiin yleisölle huhtikuussa 1988.

JTA:n menestys kilpapurjehduksessa jatkui edelleen vahvana 1990-luvun alkupuolella: JTA:n trimaraanit mm. ottivat kolmoisvoiton Route du Rhum -kilpailussa. 1990 JTA avasi uuden veistämön Nantes\\\'iin, jossa valmistettiin Lagoon 57- ja 47-malleja kilpaveneiden rinnalla.

Vuonna 1995 Jeanneausta ja samalla JTA:sta tuli osa Beneteau-ryhmää ja samalla syntyi läheinen suhde JTA-Lagoonin ja CNB:n, Construction Navale Bordeaux, välille. JTA luopui kilpaveneiden valmistamistuksesta, mutta ryhtyi entistä tehokkaammin hyödyntämään keräämäänsä venerakennuksen tietotaitoa cruising-veneiden rakentamisessa. JTA:n teknologinen osaaminen oltiin huomattu myös Hollywoodissa: Universal Picturesin toimeksiannosta JTA rakensi kaksi 60 jalan trimaraania Waterworldin kuvauksia varten ja Kevin Costnerista tuli yksi harvoista ihmisistä, jotka ovat purjehtineet yli 30 solmun nopeudella.

Lagoon on 2000 -luvulla panostanut voimakkaasti tuotekehitykseen, jonka osoituksena ovat mm.

• isot kylki-ikkunat ainoana luokassaan
• Lagoon 440 oli kokoluokassan ensimmäinen fly bridgellä varustettu katamaraani ja välitön myyntimenestys
• Lagoon 420 Hybrid oli maailman ensimmäinen sarjavalmisteinen sähkömoottoreilla kulkeva katamaraani
• Maailman myydyimmät mallit omassa luokassaan ovat kaikki Lagoonin mallistosta: Lagoon 380, Lagoon 440 ja Lagoon 410
• Kautta aikojen eniten myytyjä katamaraaneja 
• Ylivoimainen markkinajohtaja n. 37 % markkinaosuudellaan

Nykyään Lagoon toimittaa vuodessa lähes 300 huippuluokan cruising-katamaraania vaativille asiakkaille ympäri maailman.

Kaikki Lagoonin mallit on suunnitellut sama alalla erittäin arvostettu VPLP suunnittelutoimisto (Van Peteghem Lauriot Prévost). Suunnittelussa yhteisinä piirteinä on mm. 360 asteen panoraamanäkymä salongista ja valoisat kajuutat suurten ikkunoiden ansiosta.